Die Zootiermedizin steht für aktiven Tierschutz im Alltag, sie ist zudem aber auch dem Artenschutz verpflichtet.
Es gibt verschiedene Möglichkeiten für Zoo- und Wildtierärzte/-innen zum Arten- und Naturschutz beizutragen. Im Allgemeinen konzentrieren sie sich auf die Vorbeugung von Krankheiten und klinische Behandlung einzelner Tiere oder Tiergruppen, die weltweit in Zoos in ex situ-Erhaltungszuchtprogrammen gehalten werden. Es bestehen jedoch fließende Übergänge zu den Aufgaben von Wildtierärzten/-innen, die sich mit der Gesundheit von Wildtierpopulationen in situ, d. h. im natürlichen Verbreitungsgebiet, befassen. Sie arbeiten meistens für staatliche Einrichtungen oder Nichtregierungsorganisationen (sogenannte NGOs) im Naturschutz.
Zoo- und Wildtierärzte/-innen tragen zur Erhaltung gefährdeter Tierarten bei, indem sie ihr spezifisches veterinärmedizinisches Fachwissen in den Mittelpunkt des Natur- und Artenschutzes stellen. Die Unterstützung anderer Akteure im Naturschutz und die Schulung lokaler Tierärzte gehören ebenso dazu wie konkrete Hilfe bei klinischen Eingriffen und Behandlungen, welche spezifischer Anästhesie-, Diagnostik- und Operationstechniken bedürfen. Ein weiterer wichtiger Aspekt ist die Sammlung von Daten und Proben, die in Studien über das Krankheitsrisiko diverser Wildtierarten einfließen und so die Möglichkeiten zur Erfassung, Identifizierung und adäquaten Behandlung von Krankheitsausbrüchen verbessern können. Davon profitieren nicht nur die besonders gefährdeten Arten, sondern auch andere Wildtiere, Nutz- und Haustiere sowie deren Halter. Infektiös und nicht infektiös bedingte Erkrankungen bei Wildtieren sind sowohl für Schutzbemühungen gefährdeter Tierarten als auch für die Gesundheit der menschlichen Bevölkerung von großer Bedeutung.
Grundlage des fachlich fundierten Beitrags der Zoo- und Wildtierärzte/-innen zum Natur- und Artenschutz sind in der Regel langjährige praktische Erfahrungen und eine zunehmende Anzahl spezifischer Fachpublikationen. Dies alles ist notwendig, um Schutzbemühungen auf lange Sicht nachhaltig durchzuführen.
In der Gesellschaft stehen sich oftmals reine Artenschützer, welche sich um den Erhalt von Tierpopulationen oder ganzer Arten bemühen und Tierschützer, für die das Tierindividuum stets Vorrang hat, gegenüber. Zootierärzte/-innen versuchen in ihrem beruflichen Alltag beiden Bereichen gleichermaßen gerecht zu werden. So sind sie um das Wohlergehen jedes Tieres bemüht, müssen im Einzelfall jedoch unter Umständen die Interessen des Tierindividuums gegenüber den langfristigen Zielen einer nachhaltig erfolgreichen Erhaltungszucht oder auch dem Schutz einer Population im Freiland nach intensiver Abwägung zurückstellen. Entscheidungen in diesem Zusammenhang werden niemals leichtfertig, sondern stets für den Einzelfall und konform mit geltendem Recht getroffen.